Dal fenomeno immigrazione come problema di ordine pubblico, all'indifferenza per i profughi morti in mare, dalle Guantanamo nostrane, alla filosofia della guerra preventiva adattata all'immigrazione clandestina, Mare nostrum è un viaggio nell'Italia dei diritti negati agli stranieri che mette in luce l'incostituzionalità e l'inefficacia della legge Bossi-Fini-Mantovano, cominciando dall'affondamento della Kater I Rades (la "strage del Venerdì Santo" del 1997: 108 morti). Alcune immagini di Mare nostrum hanno dato il via a quattro inchieste della magistratura sul "Centro di permanenza temporanea" gestito dalla Curia arcivescovile di Lecce. Ma nel filmdenuncia c'è anche un affresco della quotidianità dei "regolari", quelli che il permesso di soggiorno possono averlo, ma che vivono come clandestini per l'iniquità e i ritardi applicativi della legge.