Sosuke, un bimbo di cinque anni, vive in cima a una scogliera. Una mattina, sulla spiaggia, trova Ponyo, una pesciolina rossa con la testa incastrata in un barattolo di marmellata. Sosuke la salva e la mette in un secchio di plastica verde. Tra i due nasce subito una forte amicizia che li porterà a condividere avventure e a sciogliere incantesimi, in un simbolico percorso verso la salvezza dei mari e della vita stessa.