La storia di Windhorse inizia diciotto anni fa sulle montagne del Tibet occidentale. In un minuscolo villaggio, dove tre bambini i fratelli Dorjee e Dolkar, e la loro cugina Pema assistono all'uccisione del nonno.La scena si sposta ai giorni nostri a Lhasa, la capitale del Tibet. La sorella, Dolkar, ha conquistato l'amore di un cinese che può aiutarla a diventare una cantante pop. Suo fratello Dorjee trascorre le giornate in una sala da biliardo e le notti a ubriacarsi. Dolkar e Dorjee hanno perso di vista la cugina Pema che è diventata una suora buddista. La rabbia per le persecuzioni cinesi nei confronti dei religiosi spingono Pema a gridare "Tibet libero" nella piazza davanti al tempio. La suora viene immediatamente arrestata.Un alto funzionario cinese promette di aiutare nella sua carriera di cantante Dolkar che infatti registra numerose canzoni per il suo CD, incluso un inno a Mao. Nel frattempo Dorjee conosce Amy, una giovane americana. Una notte la famiglia di Dorjee e Dolkar viene informata che verrà rilasciata dalla prigione la loro cugina. Pema è stata brutalmente torturata, allora Dorjee cerca l'aiuto di un amico che fa parte del movimento clandestino tibetano.La crisi di coscienza tocca anche Dolkar: in televisione si rifiuta di cantare, si schiera con Dorjee e con l'americana Amy per filmare Pema che, prima di morire, descrive le torture subite. Amy, mentre sta portando il video fuori dal Tibet, viene fermata all'aeroporto. Dolkar e Dorjee sono costretti a fuggire attraverso le montagne dell'Himalaya da cui lanciano piccoli pezzi di carta con preghiere buddiste.
