Nato nel 1964 a Città del Messico, figlio del noto scrittore Juan Rulfo, da cui ha ereditato l'interesse verso il mondo rurale messicano, Juan Carlos Rulfo si è laureato al Centro de Capacitation Cinematografica, esordendo, nel 1995, con il cortometraggio El Abuelo Cheno y otras historias. Il lungometraggio datato 1999, Del olvido al no me acuerdo, gli varrà quattro premi Ariel dell'Academia Mexicana de Artes y Ciencias Cinematograficas, mentre con En el hoyo (2006) otterrà, tra i vari riconoscimenti internazionali, il premio per il migliore documentario al Sundance Film Festival nel 2006.
